Как узнать, на каком слое находится данная (некоторая) часть изображения?

Выберите инструмент Move Tool (V) и нажмите правой кнопкой мыши на нужную вам точку. В контекстном меню появится список тех слоев, на которых в данной точке что-нибудь, да есть.